Historia e Mushtishtit vazhdon të ngrejë shumë pyetje dhe debate mes studiuesve dhe historianëve.
Një nga dilemat më të diskutuara lidhet me origjinën e banorëve ortodoksë të këtij fshati: a kanë qenë ata dikur shqiptarë ortodoksë që më vonë u sllavizuan?
Në qendër të debatit qëndron edhe objekti i vjetër fetar mbi Mushtisht, për të cilin disa e quajnë manastir serb, ndërsa të tjerë mendojnë se mund të ketë qenë një kullë eremite shumë më e hershme. Kjo çështje vazhdon të zgjojë interes dhe polemika rreth historisë dhe identitetit të rajonit.